Uit de mailing list begreep ik dat het mogelijk is een shell script te laten draaien vanuit Gambas:
( het voorbeeld gaat uit van een script in de project map)

DIM sTempScript as String
'
sTempScript = Temp$
'
COPY "update.sh" TO sTempscript
'
SHELL sTempScript WAIT


Als het project in een andere subfolder staat is het :

COPY "subfolder/update.sh" TO sTempscript